在工程施工合同履行过程中，因工程款收取与支付不当造成的纠纷时有发生。从笔者碰到的案例来看，**常见和**容易出现的问题有以下几种情况：
一、付款不按合同约定，随便打破合同关系
外地某企业来上海建造厂房，合同总价约1200万元。总承包单位拿到合同后，转手就将工程发包给分包单位(其实是转包)。工程前期付款程序还属正常，厂方老板将工程款支付给总包，总包收取管理费之后再付给分包，约支付了600万元。由于进度上不去，分包单位说，你把工程款直接付给我们，付款流畅了，进度也就上去了。厂方老板不熟悉建设程序，认为分包讲得有理，不通知总包直接将进度款支付给分包(不少款项还是用现金支付)，大约也付了600万。05年底工程竣工，06年2月分包单位将公司注销，06年6月总包单位起诉甲方，称工程造价1200万，甲方仅支付600万，还欠600万。甲方(厂方老板)此时才慌神，从侧面打听到总包和分包单位的老板是远房亲戚关系，请款过程中早有预谋，但到法庭上没有总包与分包串通的证据，而且分包单位连人都找不到了。
上述案例不是极个别的例子，也并非只有缺乏素质的包工头才会恶意赖帐。国有大企业也会利用甲方付款的空子。连云港某高层建筑由上海某知名建筑企业总承包施工，工程未完工，总承包方即起诉甲方。甲方已支付4800万元，而总承包方认为只收到3200多万元(甲方直接支付给项目经理在当地设立账户的款项，总承包方不予认可)。不仅如此，总承包方反过来追究甲方未按期付款的违约责任，利息加上违约金700多万元。不论结算上的分歧，双方差距已经达到了2000多万元。
总包单位在付款给没有资质的包工头时，有时也有类似情形。有些包工头自己没有公司账号，让总包将款项打入其借用的单位的账户。一旦发生纠纷，这些打入账户的款项就存在风险。
合法有效的合同对合同双方均具有约束力，当事人在履行合同时，应当严格按照合同约定履行义务。未经对方同意，不可单方面擅自变更合同内容，以免因不适当履行而产生不必要的纠纷。
二、支票不写收款人抬头，为别有用心的人留下空子
实践中，甲方向承包商付款时，承包商有时要求不写支票抬头，请甲方将付款总额按其要求的数据分成几张支票开具，承包商将几张支票直接付给材料商或者分包单位。由此产生纠纷的例子极为常见。
案例A：英博公司总承包某学校运动场工程，委托天上飞公司承担跑道塑胶分包工程。2005年10月28日，英博公司以支票方式支付天上飞公司7万元工程进度款，没有写抬头。后来天上飞公司起诉称，没有收到这笔7万元的款项。经法庭调查，这张支票直接进到了外地的一家咨询公司，而这家咨询公司在两年前就已经注销了。
案例B：材料商闵联公司为某公路承包商水益公司供应二灰材料(铺路用)。水益公司将100多万元材料款的支票(未写收款人抬头)交给中间人郑某带给闵联公司。郑某私自进账。当事人向郑某追索，郑某写了一张75万元的欠条，支付10万元之后郑某就不再付款了，查找郑某的财产也只有一套农村的不值钱的房子。
为避免类似风险，企业的管理者应该制定严格的财务制度，例如大额支付一定通过银行划账(贷记凭证)；必须使用支票时，收款人抬头、金额、出票日期等必要记载事项不能留空白。
如果工程实施过程中已经有不规范的支付行为，只要还未进入诉讼阶段，对方多少会讲一定的诚信，不至于一赖到底。此时可以邀请对方前来对账，将已经支付的款项明细审核确认下来。同时**好让对方公司签署一份《授权委托书》，委托书**少应明确以下四个方面事项：
一、“为工作方便，我公司现委托项目经理张某某先生(身份证号码亦应标注清楚)代为收取工程款。张某某经理代为签收的款项，不论是现金还是支票，只要张某某经理向贵公司出具收据或在贵公司支票存根上签字，不论支票的实际进账账户如何，均视为贵公司已经履行了对我公司的给付义务”。
二、“我公司同时委托张某某经理作为我公司的特别授权代表。在贵公司与我公司签署的承包合同的履行过程中，张某某经理签署的工作备忘录、补充协议及其他书面文件，我公司均认可其效力”。
三、“我公司对张某某经理在本授权委托书出具之前的所有行为均予以追认”。
四、“我公司依照工程承包合同应承担的义务，不因本授权委托书的出具而有任何改变”。
按照上述要求拟定的《授权委托书》，一定要让对方公司加盖公司印章。这样手续办妥之后，可以将公司的风险降到**低程度。
除了上述支付风险外，在工程款收取上亦应采取一定防范措施。工程款流失、特别是挂靠的项目经理私自领款的情形较为普遍。一旦失去对工程款的监管，承包企业承担的风险将会急剧增加。
为避免工程款的流失，**有效的措施是在承包合同中明确约定，“本项目的工程款由发包方直接支付于承包方公司帐户。发包方不按约定支付，视为发包方未履行付款义务。”这样的条款合理合法，一般不会被认定为无效；而且也会引起发包方财务人员的足够重视，可以有效避免工程款流失或被管理人员、挂靠人员挪用。
如果已经订立了承包合同，而合同中缺乏这样的支付约定，可以用公函的形式予以补救。例如致函甲方，“本次来函，主要是想请贵公司关注工程款的支付安全问题。涉及我公司应得工程款，恳请贵公司准确无误地支付进入本公司帐户：上海天帆工程有限公司，中国某银行上海市分行某支行，账号×××。如采用支票方式付款，支票抬头请务必注明收款人上海天帆工程有限公司公司全称，并请注明不得转让。需要特别说明的是，本公司从未授权项目经理或任何其他单位或个人代为收取工程款。因此从法律上说，任何未进入本公司帐户的付款，皆不能视为贵公司已履行对本公司的付款义务。为慎重计，我公司特致函贵公司。若是贵我双方因付款产生误会，将是极为令人惋惜之事”。这样的函件，不至于影响承包企业与甲方的关系，又可以达到预防的效果。在操作上，函件既通过挂号邮寄发出，同时还建议当面送达发包方，与发包方财务人员面对面讲清楚，以免出现疏漏。